ลำไส้ไม่ได้เป็นเพียงแค่แหล่งดูดซึมสารอาหารเท่านั้น แต่ยังมีบทบาทสำคัญในการ ผลิตสารชีวเคมีที่ช่วยเสริมสร้างระบบภูมิคุ้มกัน และควบคุมการอักเสบของร่างกาย โดยสารสำคัญที่ลำไส้ผลิตขึ้น ได้แก่

• กรดไขมันสายสั้น (Short-Chain Fatty Acids: SCFAs) ช่วยป้องกัน การอักเสบเรื้อรัง และช่วยให้ระบบภูมิคุ้มกันตอบสนองต่อเชื้อโรคอย่างสมดุล กระตุ้น เซลล์ T Reg (Regulatory T Cells) ซึ่งช่วยป้องกันโรคภูมิแพ้และโรคแพ้ภูมิตัวเอง ส่งเสริมการทำงานของเซลล์เม็ดเลือดขาว (Macrophages & Dendritic Cells) ที่ช่วยต่อสู้กับเชื้อโรค สามารถพบกรดไขมันสายสั้นจากอาหารที่มีไฟเบอร์สูง เช่น ผักใบเขียว ข้าวโอ๊ต แอปเปิ้ล กล้วย กระเทียม หัวหอม หน่อไม้ฝรั่ง เป็นต้น
• วิตามินที่ผลิตโดยจุลินทรีย์ในลำไส้ ลำไส้สามารถผลิตวิตามิน B และ K  ได้หากมีสมดุลของจุลินทรีย์ที่ดี วิตามิน B6 และ B12 มีบทบาทในการสร้าง เซลล์เม็ดเลือดขาว และช่วยให้ภูมิคุ้มกันทำงานได้เต็มที่ อาหารที่ช่วยส่งเสริมการผลิตวิตามินจากลำไส้ อาหารหมักดอง เช่น กิมจิ มิโสะ นัตโตะ ผักใบเขียว เช่น คะน้า ผักโขม